Para dirigir con mayor eficiencia la actividad concertística y editorial, que desde 2006 no había parado de crecer, se inició a principios de 2016 una profunda reorganización de la dimensión operativa de la Fundación, cuyos resultados más importantes se alcanzaron a principios de 2017. Para que la Fundación J.S. Bach se pudiera concentrar – de acuerdo con sus objetivos fundacionales – en la financiación de la interpretación integral de la obra vocal de Bach, se transfirieron todas sus actividades operativas a una sociedad hija, la J.S. Bach St. Gallen AG. Desde entonces, la J.S. Bach St. Gallen AG opera en nombre de la Fundación J.S. Bach y es responsable de la implementación de sus objetivos artísticos.